Kegiatan penelitian Prodi MZW mengacu pada Road map Penelitian Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI). FEBI IAIN Kudus mempunyai core bidang ilmu pada dimensi ekonomi dan bisnis Islam. Penelitian yang dilakukan baik dalam bentuk teoritis maupun aplikatif oleh civitas akademika diarahkan untuk sejalan dengan core bidang ilmu tersebut. Tema Penelitian pada Road Map Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat FEBI IAIN Kudus disusun selaras dengan Prioritas Riset Nasional 2019-2024 dengan mengambil bidang ekonomi, keuangan dan bisnis Islam.

Sumber pendanaan kegiatan penelitian UPPS terdiri dari pendanaan internal dan  eksternal. Pendanaan Internal diberikan melalui program bantuan penelitian BOPTN dan PNBP IAIN Kudus serta biaya mandiri. Bantuan BOPTN diberikan untuk seluruh dosen IAIN Kudus yang lolos dari penilaian reviewer. Bantuan penelitian PNBP bersifat lokal di setiap fakultas di lingkungan IAIN Kudus. Program bantuan penelitian ini merupakan program rutin tahunan dari LPPM IAIN Kudus. Bantuan Penelitian Internal diberikan secara bertahap.

Sumber pendanaan Penelitian di Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kudus berasal dari tiga sumber yaitu:

a) Institusi yang terdiri dari Pendanaan BOPTN dan PNBP

Penelitian BOPTN (Bantuan Operasional Perguruan Tinggi Negeri) mengacu kepada keputusan Dirjen Pendidikan Islam tentang pengelolaan dana Bantuan Operasional Perguruan Tinggi Negeri Nomor 702 tahun 2019. Penelitian BOPTN merupakan penelitian yang mendapatkan pembiayaan dari Pemerintah yang bersumber dari anggaran pendapatan dan belanja negara yang diberikan kepada Perguruan Tinggi Negeri. Penelitian PNBP merupakan penelitian yang didanai dari Pendapatan Negara Bukan Pajak (PNBP) di Tingkat Fakultas. Penelitian PNBP merujuk kepada Juknis Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat PNBP dan Mandiri tahun 2022. Penelitian PNBP ini diperuntukkan bagi seluruh civitas akademika yang telah memiliki Nomor Induk Dosen Nasional (NIDN), Nomor Induk Dosen Khusus (NIDK), atau Nomor Urut Pendidik (NUP) di lingkungan IAIN Kudus. Tahun 2019-2021 ada 11 Judul Penelitian yang didanai dari BOPTN dan PNBP. 

b) Kementrian Agama atau Lembaga Lain

Sumber Pendanaan Penelitian dosen dan mahasiswa Prodi Manajemen Zakat dan Wakaf berasal dari dana BOPTN Kementrian Agama dan Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS). Pada Tahun 2021 Program Studi Manajemen Zakat dan Wakaf memperoleh pendanaan penelitian dari BAZNAS berupa dana bantuan riset yang diperuntukkan kepada mahasiswa yang sedang mengerjakan tugas akhir. Dana Bantuan tersebut diperoleh 12 mahasiswa yang lolos seleksi dengan masing-masing mahasiswa memperoleh bantuan penelitian sebesar 5.000.000. Bantuan riset tersebut juga dibimbing oleh dosen yang telah ditugaskan dari awal dalam penyusunan proposal sampai laporan akhir dan publikasi.

c) Lembaga Internasional

Pendanaan dari Lembaga internasional untuk prodi Manajemen Zakat dan Wakaf untuk tahun 2019-2021 dari dosen dan mahasiswa belum terwujud namun upaya dari tahun ke tahun terus dilakukan diantaranya adalah dengan mengandeng berbagai kampus diluar negeri untuk melakukan riset bersama terkait keuangan sosial Islam. Hal ini terwujud pada tahun 2022 diantaranya adalah mengadakan Kuliah Tamu Internasional bersama Narasumber dari Nigeria Tahun 2022. Tahun 2022 UPPSjuga menjalin kerjasama penelitian kolaborasi internasional dengan Mindanao State University-Iligan Institute of Technology (MSU-IIT) untuk melaksanakan penelitian tentang halal tourism pada tahun 2023.