Sejarah Program Studi
Institut Agama Islam Negeri Kudus berdiri pada tanggal 5 April 2018 berdasarkan Peraturan Presiden No 27 Tahun 2018 tentang Institut Agama Islam Negeri Kudus. Institut Agama Islam Negeri Kudus merupakan peralihan status dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kudus. Pada saat ini Institut Agama Islam Negeri Kudus mempunyai 5 fakultas, yaitu: Fakultas Tarbiyah, Fakultas Dakwah, Fakultas Ushuludin, Fakultas Syariah dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kudus.
Awal berdirinya STAIN Kudus tahun 1997 hanya memiliki 2 prodi, yaitu prodi PAI pada Jurusan Tarbiyah dan prodi Ahwal Asy-Syakhshiyyah pada Jurusan Syariah. Setelah itu, STAIN Kudus mengajukan beberapa prodi baru, diantaranya prodi Muamalah (Ekonomi Islam) yang berdiri berdasarkan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Islam Departemen Agama Nomor DJII/181/2002 tanggal 28 Juni 2002 tentang ijin penyelenggaran prodi Muamalah (Ekonomi Islam). Selanjutnya perpanjangan ijin penyelenggaraan prodi ini keluar berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No: Dj.I/352/2007 tanggal 20 September 2007. Berangkat dari tuntutan kebutuhan stakeholder pada pengembangan ekonomi Islam, maka STAIN Kudus mengajukan pendirian prodi Ekonomi Islam. Pada 1 November 2007 keluarkan ijin penyelenggaraan Prodi Ekonomi Islam berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No: Dj.I/422/2007.
Selanjutnya perpanjangan ijin penyelenggaraan prodi ini keluar berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No: 269 Tahun 2013 tanggal 31 Januari 2013 dengan perubahan nomenklatur nama prodi Ekonomi Islam menjadi Ekonomi Syariah. Selanjutnya Jurusan Syariah memiliki beberapa program studi baru, yaitu Manajemen Bisnis Syariah (2011), Manajemen Zakat dan Wakaf (2012), Perbankan Syariah (2016), Akuntansi Syariah (2016), dan Hukum Ekonomi Syariah (2016). Setelah alih status STAIN Kudus menjadi IAIN Kudus, maka terjadi pemekaran Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam menjadi 2 Fakuktas yaitu, Fakultas Syariah dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI).
Sejarah berdirinya Program Studi Manajemen Zakat dan Wakaf berawal dari terbitnya surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomer 2864 tahun 2012 dengan menyebut Program Studi Zakat dan Wakaf yang dikelola oleh jurusan Syariah dan Ekonomi Islam STAIN Kudus. Sehingga penerimaan mahasiswa Program Studi ini dibuka pada tahun ajaran 2013/2014. Selanjutnya terjadi perubahan dengan terbitnya Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 33 Tahun 2016 tentang gelar akademik perguruan tinggi, maka penyesuaian gelar akademik dan nama program studi dilakukan dengan berubah nama "Manajemen Zakat dan Wakaf".
Seiring perkembangan sekolah tinggi menjadi institut tahun 2019, maka pengelola program manajemen zakat dan wakaf dilakukan oleh fakultas ekonomi dan bisnis islam (FEBI) IAIN Kudus.